Temeljne dejavnosti Kliničnega centra (KC) izvajajo strokovno
organizacijske enote: klinike, klinični inštituti, klinični oddelki,
centri in službe. Strokovne organizacijske enote na področjih interne
medicine, kirurgije, ginekologije, pediatrije, nevrologije in
stomatologije so glede na skupne strokovne in ekonomske interese
povezane v strokovno-poslovne skupnosti (SPS).
Najvišji organ upravljanja Kliničnega centra je Svet KC, ki ima 25
članov. Med njimi je trinajst predstavnikov Vlade Republike Slovenije,
devet zaposlenih, predstavnik Mestne občine Ljubljana in dva
predstavnika zavarovancev. Na strokovnem, raziskovalnem in
izobraževalnem področju Svetu pomaga Strokovni svet KC.
Svet KC imenuje generalnega direktorja in strokovnega direktorja KC.
Vsak od njiju ima na svojem področju najvišja pooblastila, ki jih
opredeljuje Statut KC.
Upravljavski organi posameznih strokovno poslovnih skupnosti (SPS)
so strokovno-poslovni svet, strokovni direktor in poslovni direktor.
Klinike, klinične inštitute in klinične oddelke vodijo
predstojniki, centre in službe pa vodje. Zdravstveno nego vodijo
glavne medicinske sestre.